耳后皮脂腺囊肿的治疗，和其他部位皮脂腺囊肿的治疗原则基本相同，手术是比较彻底的治疗方法。在没有合并感染的情况下，皮脂腺囊肿通常没有症状。建议在日常生活中，做好局部的清洁，避免反复挤压，尽早进行手术。
手术通常可以在局部麻醉下进行，这个手术可以即做即走，就是手术全程患者都清醒，手术完成之后患者就可以离开医院回家。手术时通常会以囊肿表面针眼状的皮肤开口为中心，来设计个梭形的皮肤切口。切开之后沿着囊肿的表面剥离，在其包膜外将囊肿完整地取出。术后会遗留一条比较隐蔽的、细线状的瘢痕，达到比较好的美观效果。
如果囊肿突然体积增大，质地变软、表面以及周围的皮肤出现红肿，甚至出现疼痛，以上情况都提示囊肿合并了感染。这时应当及时就医，医生会通过外用抗生素软膏或者是理疗等一系列手段，帮助控制局部感染。如果感染比较严重，局部有脓肿形成，这时应当尽早进行手术切开引流。等到感染彻底控制后，择期再进行手术治疗。
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