深蹲时膝盖疼痛主要有两个因素，具体如下：

1、如果深蹲时是膝盖的前方，尤其是膝盖前方偏外侧的疼痛。此时通常提示是髌骨半脱位或者髌骨关节炎所导致的深蹲时膝盖疼痛，通常需要手术校正治疗；

2、如果深蹲时疼痛在膝关节的外侧或者后外侧，或者是后内侧关节间隙的部位，通常是半月板撕裂所导致的深蹲时疼痛，一般是半月板的后角疼痛。如果是后外侧疼痛，通常是外侧半月板后角损伤。如果是后内侧疼痛，则通常是内侧半月板后角的损伤。

所以深蹲膝关节前方的疼痛，通常是髌骨关节炎或者髌骨半脱位。如果是膝关节的后方疼痛，如膝关节的后外侧或者后内侧，通常是半月板的后角损伤所引起。