双歧杆菌通常对于便秘有效，但不会立即见效。患者服用1次或服用1天双歧杆菌，便秘可能不会出现明显改善。双歧杆菌治疗便秘的主要作用机制，在于双歧杆菌属于人体有益菌，进入肠道以后可以调节肠道菌群之间的平衡，有利于机体增加有益菌。有益菌增加以后，对食物中的部分成分，比如对膳食纤维可以进行降解，产生小分子化合物，比如短链脂肪酸。短链脂肪酸有比较广泛的生物学作用，可以影响大脑分泌5-羟色胺，也可以影响到肠道5-羟色胺的分泌水平。

5-羟色胺对肠道的动力有比较重要的影响，如果5-羟色胺的分泌量增加，会促进肠道蠕动，从而缓解便秘的症状。益生菌还有其它较多复杂的机制，目前临床还并不明确，如果患者服用益生菌治疗便秘，需要多种有益菌补充并达到一定的时间，通常建议至少3个月以上。如果患者希望服用益生菌几天就能够达到缓解便秘，并不切合实际。治疗便秘更加快捷的方法是服用缓泻剂，例如临床常用的普芦卡必利、乳果糖、聚乙二醇或利那洛肽等。双歧杆菌治疗便秘的好处在于其属于益生菌，对人体没有不良反应。