扁桃体囊肿不一定要采取手术治疗。扁桃体囊肿与皮肤皮脂腺囊肿是相同道理，属于腺管堵塞后引起局部膨隆，结构是皮包水或者豆腐渣样物质。手术治疗是否需要做，主要由发生位置对咽部主观症状影响以及发展变化决定。生长位置如果挤压周边器官较明显，如向前突刺激舌根、向后突刺激咽喉壁，同时引起咽部不适感以及舌根异物感，这时需要做手术治疗。
还有是扁桃体囊肿进行性增大，说明腺管上皮活跃，不断产生分泌液，如火山喷发，属于活动期需要进行治疗。同时，扁桃体囊肿如果发生局部黏膜溃烂和炎性变化，切除后需要进行病理化验，明确有无相关情况。
