无痛肠镜和胃镜可以一起检查，目前既有无痛胃肠镜联合检查，也有单独的胃镜、肠镜，以及单独的无痛肠镜、无痛胃镜检查。
部分患者对于无痛使用全身麻醉有一定顾虑，能够耐受普通胃镜，但不能耐受普通肠镜。因此选择无痛肠镜，在做胃镜时不给麻醉药，开始准备做肠镜时才会经过静脉给麻醉药。
普通胃镜、普通肠镜、无痛肠镜、无痛胃镜可以相互组合，分段进行使用麻醉，主要是看患者自身的体验。无痛内镜的发明和使用，主要是为了提升患者的自身感受，改善患者的不良耐受度，因此无痛肠镜和胃镜可以一起检查，不会影响检查的结果和过程。
在无痛的情况下，患者的依从度高，不会因为紧张导致胃肠道痉挛，影响进镜检查的过程，因此不反做任何选择。
