异环磷酰胺是临床上经常使用的化疗药物，临床上主要是对肉瘤、骨肉瘤，还有部分淋巴瘤的病人进行治疗。异环磷酰胺经常和一些药物联合使用，基本上不单独使用，基本上最常用的联合化疗方案是异环磷酰胺加表阿霉素的化疗方案。这种化疗方案对肉瘤效果非常好，用药通常是一个周期需要用5天的时间。病人的化疗反应相对来说也较大，主要的副作用是对白细胞和胃肠道的影响，就是应用异环磷酰胺化疗方案后，患者可能会出现恶心、呕吐的症状。
在临床上也会用异环磷酰胺加依托泊苷的化疗方案，去治疗如骨肉瘤这类较难治的肿瘤。对于骨肉瘤而言，如果能手术尽量手术，手术后通过异环磷酰胺加依托泊苷的化疗方案去进行治疗，加强手术后的治疗效果。整体来说，异环磷酰胺在临床上比较常用，经常和其他药物组成联合的化疗方案，治疗肉瘤、骨肉瘤和部分特殊类型的淋巴瘤等。
