幽门螺杆菌根除时，通常会选择四联疗法。如果感染较轻微，可以选择三联疗法进行根除治疗。药物的选择没有好坏之分，通常是根据病人的整体情况调整，会选择两种抗生素。

在北京地区首选的是阿莫西林类，因为耐药率相对较低，但是青霉素过敏的病人不能应用。其次是克拉霉素，普遍可以应用，老年人如果基础病特别多，可以选择利复星类。克拉霉素比较苦，有的病人难以接受。利复星这类药，又称为喹诺酮类制剂，为广谱药物，一般人均能够应用，耐药率相对比较好，但是儿童不能应用。然后是甲硝唑，通常也可以选择。呋喃唑酮并非所有医院都有，而且胃肠道反应比较明显，可以作为二线的选择药物。

除了两种抗生素，还要选择铋剂，可以是胶体果胶铋、复方铝酸铋、枸橼酸铋钾。还有一种是质子泵抑制剂，包括奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等，任选其一，而且使用双倍剂量，才能起到有效的根除作用。