子宫附件的囊肿究竟怎么治疗最好，需要分别进行分析，具体内容如下：

1、子宫的囊肿：子宫的囊肿通常是指的宫颈局部出现囊肿，这种囊肿在临床，如果没有症状不用治疗。如果出现了症状，比如分泌物多、下腹部疼痛、腰骶部疼痛，可以考虑用左氧氟沙星和甲硝唑联合用药进行治疗，会使相应症状得到改善；

2、附件区的囊肿：临床上的治疗以病理囊肿为例，可以保守治疗。若是囊肿的直径相对比较小，如巧克力囊肿的直径＜4公分可以保守治疗，包括上曼月乐环或者口服唯散宁(地诺孕素片)等，都会达到治疗目的。如果巧克力囊肿直径＞4公分，可以考虑手术治疗。在手术之后有可能会复发，因此要定期检查做后续治疗。对于其他的病理性囊肿，直径＞5公分可以考虑手术治疗。至于手术的方式，可以根据自己的情况选择腹腔镜，也可以选择开腹手术治疗，主要是根据自己的意愿来决定。其中腹腔镜恢复比较快，开腹手术恢复相对慢一些。