胃肠道间质瘤，目前不能依靠抽血进行化验，目前通过抽血进行肿瘤检测的这种方法仍停留在基础研究节段。通过血液内循环肿瘤细胞或循环DNA这些方法，能够预测胃间质瘤的可能性。目前尚不能应用于临床，仍处于科研阶段。

胃间质瘤诊断主要还是依据普通胃镜或在普通胃镜的前提下进行超声胃镜或腹部CT检测，然后在胃镜下进行活检取得肿瘤病理学依据，取得病理以后才能依据结果确诊。