正常阴道内有多种微生物存在，这些微生物互相依存、互相制约，达到动态平衡并不致病。在维持阴道生态平衡的因素中，雌激素局部pH值、乳酸菌以及阴道黏膜免疫系统起重要作用。
雌激素可使阴道黏膜上皮增厚，并增加糖原含量，糖原可在乳酸杆菌作用下转为乳酸，维持阴道正常酸碱环境。阴道正常是弱酸环境，pH值多在3.8-4.4。此外，雌激素还可维持阴道黏膜免疫功能，阴道酸性环境可抑制其它病原体的生长，而有利于乳酸杆菌的生长。正常情况下，阴道微生物处于动态平衡状态，可以防止阴道炎的产生，一旦阴道微生态平衡被打破，则可导致阴道炎发生。雌激素水平低下的婴幼儿以及绝经后人群，可以发生婴幼儿外阴炎以及萎缩性阴道炎。引起阴道酸性环境改变的原因有频繁性交，性交后阴道pH值可升高至7.2，并维持6-8小时，阴道灌洗等均可使阴道PH值升高，不利于乳酸杆菌生长。
若厌氧菌过度生长，可导致细菌性阴道病。长期应用广谱抗生素可抑制乳杆菌生长，引起真菌过度增殖，导致外阴阴道假丝酵母菌病、阴道毛滴虫引起滴虫性阴道炎，故避免频繁性交、不必要的阴道灌洗以及长期广谱抗生素的应用。