胃肠镜可分为胃镜、十二指肠镜、小肠镜及结肠镜、胶囊内镜等，不同的内镜插管的部位也有所差别，具体如下：
1、胃镜、十二指肠镜：从口腔插管，即进镜；
2、结肠镜：从肛门进镜；
3、小肠镜：需分两次进镜，因为小肠较长，成年人为5-7m不等。小肠镜需从口侧进一次，镜尽量往深处进，不能往下时在肠壁上打组织夹做标记。随后从肛门侧逆行往上走行观察后部距离较远的小肠，尽量找到组织夹所在位置，算是把小肠全部检查完毕；
4、胶囊内镜：将胶囊口服，随着胶囊蠕动会启动拍照在肠道内进行观察，部分医院也用胶囊内镜检查胃。胶囊内镜不可取活检，且存在滞留风险。
