经食管超声心动图有临床应用价值，有优点也有缺点，有一些人可能不适合做。最大的优点就是经过食道，食道紧贴在心脏后方，观察心脏就避免经胸超声心动图胸壁、肋骨、肺脏里面气体的干扰，经食管超声心动图最大的优势是图像非常清晰，避免外界干扰和其它组织干扰，看的非常清晰就有利于对疾病诊断的准确性。经食管超声因为在食管里边还可以放的深入到胃底里面，对经胸超声做时候的一些切面，进行有效的补充。
心外科的手术或者介入手术，胸壁有切口不适合做经胸超声引导，可以做经食管超声，对术者没有干扰，不影响手术的进行。缺点是毕竟要放入人体内，有一定的不适感、并发症，如果食道、胃有溃疡就不适合做这个检查，或者严重的心律失常经食管超声会诱发这些情况，就不适合做。
