双肾结石的治疗要更复杂一些，结石的大小、数目，是否有肾积水、感染，是否有输尿管狭窄，是否有其它合并症，对于结石的治疗选择影响也很大。
1、保守治疗：小的结石，可以通过多喝水、多运动、排石药物的应用，可以排出体外；
2、体外碎石：结石再大一点，有1-2cm，可以通过体外碎石，碎石后再进行排石治疗；
3、微创手术：如果是超过2cm的结石，通常需要微创手术来治疗，如经皮肾镜、输尿管软镜，这种微创手术对肾脏的损害很小，操作也较安全。通过内窥镜找到结石，经内窥镜直视下用激光将结石击碎，再分别取出，是安全可靠的。
对于双肾结石，要明确哪侧症状重、哪侧引起的积水重、哪侧对肾的危害重，而先处理。一般的肾结石是分别处理，如果结石较容易处理，病人一般情况又好，也可以双侧同时取石。而对于排石，就可以双侧同时排石，因为无法控制哪一侧先排石。
