巧克力囊肿可以做微创手术，而且腹腔镜微创手术是治疗巧克力囊肿的首选方法。巧克力囊肿又称为卵巢子宫内膜异位囊肿，子宫内膜异位囊肿如果需要手术，首选腹腔镜下微创手术。目前微创手术即腹腔镜手术开展越来越多，以前需要开腹手术的病人，现在很多都可以通过腹腔镜下微创手术来进行操作，这样对病人损伤明显减少，腹腔内导致术后粘连等并发症也相应的减少。
腹腔镜微创手术是在腹部打3个洞，每个洞直径在1cm左右，置入腹腔镜的器械在腹腔内进行操作。首先要进行人工气腹把肚子鼓起来，通过显示器以及操作器械，就可以通过显示屏来进行手术操作。卵巢的子宫内膜异位囊肿或者叫巧克力囊肿，主要的操作方法把巧克力囊肿的囊皮剥除，把囊内陈旧血液完全吸出，并且把囊壁剥除后，在局部进行止血即可。
