南京医院排行靠前的有南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院等。其中南京医科大学第一附属医院是国家重大疫情救治基地、国家（江苏）紧急医学救援队承建单位，现有国家重点学科1个，国家临床重点专科19个；省临床医学研究中心5个，医学重点学科（实验室）13个，省级医疗诊治中心5个，省级专科（病）诊疗中心8个，省级临床重点专科34个。南京鼓楼医院培育一大批重点专（学）科，其中国家重点学科、国家临床重点专科10个，省临床医学中心3个、省医学重点学科7个、省医学创新团队4个、省级临床重点专科29个、省级质控中心10个、省专科（专病）诊疗中心8个。