阴茎有点隐隐疼痛可能的原因如下：1、急性尿道炎。可以出现尿道内疼痛并放射至阴茎，伴有尿频、尿急、排尿疼痛的症状，需要进行尿常规检查或者尿道镜检查来进一步确诊。2、当存在尿道膀胱结石也可以出现阴茎的疼痛，这时多伴有尿道内刺痛、尿频、尿急，还可伴有肉眼血尿的症状。需要进行泌尿系统B超或者进行尿道镜检查来确诊。3、当患有阴茎海绵体硬结可以出现阴茎疼痛，用手触摸时可以摸到海绵体的硬结，需要进行阴茎B超检查来确诊是否存在有海绵体硬化。4、当存在于尿道肿瘤也可以隐隐疼痛，多伴肉眼血尿，需要进行尿道镜检查来进一步排除。5、当患有包皮龟头炎也可以出现局部的肿痛，外观上可见龟头红肿、红斑等，可以出现龟头、阴茎的放射性疼痛。