肺曲菌病临床中主要遵循早期、积极而理性的原则，对肺曲菌病患者进行药物治疗。常见药物为伏立康唑。经抗真菌药物治疗，对支气管内曲菌有一定疗效，但易复发，常见药物为伏立康唑。
一、药物治疗
1、伏立康唑：具有广谱抗真菌的作用，曲菌球、变态反应性支气管肺曲菌病和侵入性肺曲菌病的治疗首选伏立康唑，不良反应是视觉损害、发热、皮疹、呕吐、恶心、腹泻、头痛。
2、卡泊芬净：本品有广谱抗真菌活性，对白色念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌等有良好的抗菌活性，对烟曲霉、黄曲霉、土曲霉和黑曲霉及除曲菌以外的几种丝状真菌和二形性真菌也有抗菌活性，本品适用于治疗念珠菌败血症和腹腔脓肿、腹膜炎和腹腔感染等，常见的不良反应有发热、腹痛等症状。
3、两性霉素B：本品从链霉菌的培养液中提炼制得，是一种多烯类抗真菌抗生素，两性霉素B几乎对所有真菌均有抗菌活性，主要对念珠菌、隐球菌、组织胞浆菌、酵母菌、皮炎芽生菌、球孢子菌属等有效，部分曲霉菌对本品耐药，皮肤癣菌则大多数呈现耐药，常用于治疗隐球菌病、皮炎芽生菌(北美芽生菌病)、播散性念珠菌病、球孢子菌病、组织胞浆菌病等，常见的不良反应为白细胞下降、贫血、血压下降或升高、周围神经炎、复视和肝损害。
4、两性霉素B脂质体：本品的有效成分为两性霉素B，两性霉素B属多烯类抗真菌抗生素，其作用机制是通过与真菌细胞膜上的固醇(主要为麦角固醇)结合，使膜通透性增加，细胞内重要物质(如钾离子、核苷酸和氨基酸等)外漏，导致真菌细胞死亡，适用于敏感真菌所致全身性深部真菌感染的治疗，包括隐球菌性脑膜炎、念珠菌病、球孢子菌病播散性脑膜炎或慢性球孢子菌病等，本品不良反应发生率低于两性霉素B，不良反应主要包括舌尖麻木感、寒战、发热、头痛、关节痛等。
二、手术治疗
肺叶切除：通常肺曲菌球并不直接损害肺组织，也不与肺循环相交通，如发生大量或反复的咯血则应行手术治疗，通常需切除病变肺叶以确保根治，如患者既有较多量咯血又不耐受肺叶切除，可以采用病变肺叶萎陷疗法。