普通急性心肌炎大部分预后良好，约50%的急性心肌炎病例在吃药2-4周后恢复，也有极少部分患者病情可长期迁延，而成为慢性或持续性心肌炎或心肌病改变，治疗往往需要维持3个月到半年。
对于暴发性心肌炎，其急性期病死率可高达80%，但一旦度过急性危险期，长期预后良好。
在急性期往往需要较长时间的药物治疗，包括抗炎、抑制免疫、营养心肌、纠正心衰等综合性的治疗，必要时可以给予丙种球蛋白支持疗法、血浆和血液净化治疗等进行辅助治疗。