在怀孕的整个孕期，都有胚胎停止发育的可能，所以说怀孕三个月之后也是有胚胎停育的情况。一般情况下怀孕头三个月发生胚胎停育的几率比较大。三个月之后形成胎盘，孩子就相对比较稳固，胚胎停孕绝大部分都是发育在早孕期。
胚胎停育的发生主要与孕囊质量不好有关系，当女性出现孕囊质量不好时，往往在怀孕早期就会通过自然选择将胚胎淘汰掉，就会在怀孕早期时出现胚胎停孕。怀孕三个月也会出现胚胎停育的几率，所以要定期做好产科检查，观察一下胎儿的发育情况。