肾盂肾炎的患者大多为急性起病，临床症状会在短期内出现，病情轻重不一。有些患者会有明显的诱因，比如近期有使用尿路器械，包括膀胱镜检查、逆行肾盂造影、导尿和留置导尿管等，还有妇科检查史等。
肾盂肾炎多由上行感染所致，大多患者会伴有膀胱炎的症状，有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状。
尿液浑浊，偶有血尿，患者还会伴有全身症状，包括寒战、发热，体温可达38℃以上，全身疲乏、无力以及食欲减退，可有恶心、呕吐或者腹痛。
体检的时候可有一侧或两侧的肾区疼痛，脊肋区有叩击痛及压痛。
对于有糖尿病或者尿路梗阻的患者并发急性肾盂肾炎的时候，还可能发生急性肾乳头坏死，坏死的乳头脱落可会引起肾绞痛，部分患者还可能出现少尿及急性肾衰竭。