巧克力囊肿如果不做手术，直接做试管婴儿是不可以的。因为在临床上，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，如果没有做手术的情况下做试管婴儿，随着子宫的增大很可能压迫到囊肿，使囊壁破裂，这样会造成严重的后果，比如可以使多个部位出现子宫内膜异位症的病灶，在临床上后果不堪设想。建议这种情况最好是在月经干净以后3-7天，做巧克力囊肿的剔除手术，术后痊愈之后再考虑做试管婴儿，并且建议在术后最好尽快做相应的检查，然后尽快做试管婴儿，因为巧克力囊肿在临床上具有复发性。