扁平疣是病毒感染，最常受累的部位是面部，对于面部的治疗尤为关注的是预后的问题，因为可能会影响到美观。所以最开始如果数量比较少，可以选择外用的药物，比如外用抗病毒软膏、干扰素软膏，或者是咪喹莫特软膏等等，也可以考虑外用维A酸软膏。用这些药首先要注意疣体有多大涂药的面积有多大，尽量不要涂的太多，因为这些药杀疣体的同时，也可能会对正常皮肤有损伤，所以尽量小面积使用、少量使用。
如果外用药物效果不好，可以根据皮损的情况适当的给予口服的药物，由医生来处方。如果口服带外用治疗效果都不理想，可以通过物理的方法，物理的方法主要可以用冷冻或者二氧化碳激光治疗。如果担心留疤的问题，在治疗的时候可以选取小面积取几个皮疹做治疗，看看愈合能力，因为每个人愈合能力都不一样。
除了面部以外，扁平尤好发于颈部和前胸，尤其是怀孕哺乳期以后的女性，因为在这期间的免疫功能下降，可能最开始有1-2个没有注意到，但是一旦怀孕、哺乳期这些免疫功能下降的时期都容易引起疣体增多。这种情况治疗的时候很简单，通过物理的方法用二氧化碳激光或者冷冻。最主要的是有的病人患病的时间比较长，发现的时候数量比较多，这个时候需要注意一定要治疗干净，但实际上日常生活中尤为关注的是洗澡不能搓澡的问题。如果有1-2个落网之鱼的疣体不去关注，还是延续着洗澡比较爱搓的习惯，有可能皮疹又会进一步传播到其它的地方。因为本身病毒感染有传染性，所以一定要注意身上有扁平疣的患者洗澡不能搓，如果有搓澡巾可以处理掉，这个尤为重要。治疗方面通过物理治疗，因为数量比较多一次不能治疗干净，可以经过多次治疗可以达到根除。
