慢性肾盂肾炎的治疗包括解除复杂性尿路的因素、控制感染、控制血压等等。慢性肾盂肾炎有些是由急性肾盂肾炎转化而来的，而多数情况下都由于复杂性尿路所导致，比如肾盂输尿管连接处狭窄、前列腺的增生等等。这些因素都能够导致尿流不畅，尿路反复的出现感染，就导致慢性肾盂肾炎的发生。因此，一旦确诊慢性肾盂肾炎，首先应该明确是不是有复杂性尿路的因素，然后给予解除。如果不解除，肾功能会逐渐的恶化。另外，慢性肾盂肾炎在急性感染的时候要应用敏感的抗生素来控制感染，比较常用的抗生素有头孢曲松、左氧氟沙星等等。慢性肾盂肾炎逐渐发展，一旦进入了肾衰阶段，会伴随有血压升高，而血压升高又能够导致肾功能的恶化，这时候需要应用降压药物来控制血压，比如硝苯地平。