神经特异蛋白是中枢神经系统内新型角质细胞合成的，大部分存在于脑内，这种特异蛋白是脑损伤的特异性生化标志物。其在脑损伤后有一定的时间变化规律，而且与脑损伤程度及预后密切相关，稳定性好，其浓度值的检测有助于临床上判断神经组织的病灶大小、治疗效果和判断病人的预后等。临床常用于创伤性颅脑损伤的早期诊断，判断损伤程度及判断预后，具体说明如下：
第一、早期诊断脑外伤六小时之内，中枢神经特异蛋白浓度就明显升高，一天后明显下降，2-3天后会有小的峰值出现，可能与脑外伤继发脑损伤有关。
第二、用于急性脑卒中早期辅助诊断，评估脑损伤程度、指导治疗、评估预后，脑缺血损伤时细胞损伤是一个渐进的过程，脑缺血损伤后又会出现再灌注损伤而引起脑水肿，使血脑屏障通透性进一步增高，导致血液中的中枢神经特异性蛋白增多，同时神经细胞损伤可能持续一段时间。脑出血的神经损伤源于血肿的原发性损伤外，更主要的是继发性损伤，主要包括脑水肿、脑细胞的毒性损伤和继发性缺血，早期的辅助诊断，急性卒中发生后，这种蛋白浓度在8-24小时即明显增高。
第三、用于新生儿缺血缺氧性脑病的早期诊断和预后判断。