咳痰有腥味最常见的原因就是细菌感染所引起的呼吸系统感染性疾病，尤其是厌氧菌感染，辛臭味或臭味比较浓烈。如果是细菌感染引起的咳痰有腥臭味，一般可以选用抗生素进行抗感染治疗，常用的有青霉素类的阿莫西林或者阿莫西林克拉维酸钾，也可以用头孢菌素类的头孢羟氨苄、头孢呋辛、头孢克洛、头孢地尼等，还可以用大环内酯类的阿奇霉素、红霉素、罗红霉素等。如果是大于18岁以上的成人，也可以用喹诺酮类的抗生素，比如甲磺酸左氧氟沙星、莫西沙星等进行抗感染治疗。
如果出现了咳痰有腥味，也可以采用中医中药辨证治疗，常见的有风热犯肺或痰热内蕴型。如果是风热犯肺，常见的症状是咳嗽、咳黄黏痰，痰黏稠，不容易咳出来，伴有鼻塞、流黄脓鼻涕、咽喉肿痛，可以予以银翘散加减，或者是金花清感、连花清瘟进行疏散风热治疗。如果是痰热内蕴引起，常见的症状有咳嗽、咳脓痰或脓血痰，伴有胸高胁胀、小便黄、大便干、舌红、苔黄腻等症状，通常可以用清金化痰汤或者是复方鲜竹沥液、牛黄蛇胆川贝液进行清肺化痰治疗。