对于肝部多发性囊肿，如果患者没有明显的症状，囊肿也比较小，一般定期复查随访即可。但如果肝内多发囊肿引起了压迫的症状，比如囊肿较大，或者囊肿内出现了出血、感染、胆瘘等情况时相对比较严重，患者需要进一步的治疗。
治疗方式包括保守治疗以及手术治疗，保守治疗可以通过消炎、对症的处理。手术治疗包含穿刺、抽液，以及进行腹腔镜的手术，严重的情况也需要患者考虑开腹手术，进行囊肿的去顶开窗，或者囊肿的切除手术。此外，肝部的多发性囊肿也要与多囊肝进行鉴别，多囊肝属于一种遗传性的疾病，患者病情相对更为严重。