月经结束后两天有褐色分泌物，如果发生在月经期7天之内属正常现象，可能是宫腔或者阴道积存经血没有及时排出所致。
正常的经期是3-7天，如果超过7天属于经期延长，经期7天已过，干净后出现褐色分泌物，考虑是黄体功能不足等内分泌紊乱导致，或者经期刚过子宫内膜尚未完全修复，同房的过度刺激导致褐色阴道分泌物。
与妇科疾病也可能有关，比如宫颈息肉、宫颈糜烂、子宫内膜病变等，应该去医院进行盆腔彩超检查、妇科内诊检查等，明确褐色分泌物是来自于宫腔还是宫颈表面，根据病因进行治疗，平时保证规律的作息时间，不要熬夜，忌烟、酒，调畅情志。