阿莫西林和头孢菌素都属于β-内酰胺类的抗生素，它们的作用机制有类似的地方，都是通过破坏细菌的细胞壁来达到杀菌的目的。但是它们之间也有区别，最主要的区别阿莫西林只是一种药物。
而头孢菌素是多种头孢菌素类药物的一个总称，它可以分为一代、二代、三代和四代头孢菌素，每一代里边又有不止一种药物。
所以实际上阿莫西林是一种药而头孢曲松钠是一个家族，在头孢菌素这个家族里边，不同成员的抗菌谱，抗菌的特异性都有所不同。还有一个不同点就是阿莫西林过敏的风险相对会更高一些，而头孢菌素过敏的风险相对会低一些。