跑步时腰疼可以进行以下的处理：
第一、减少运动量，尽量注意腰部的休息，能够减少跑步时的腰疼。
第二、口服药治疗，可以口服止痛的药物，比如美洛昔康、塞来昔布、洛索洛芬钠片，同时可以口服氨酚待因片来进行治疗。
第三、进行外用药物的治疗，比如云南白药气雾剂，或者是通络祛痛膏来进行贴敷，也能够起到通经活络、止痛的作用。
第四、可以进行物理治疗，比如微波理疗或者是远红外线的理疗，可以缓解局部的疼痛，同时可以减轻局部腰部的炎症，要进行热敷，也可以缓解腰部的疼痛。