肾脏结石手术以后原则上使用抗菌素的时间不超过24小时，可以选择头孢菌素，比如注射用头孢呋辛钠或者注射用头孢西丁钠等第2代的头孢抗菌素进行预防感染处理，也可使用喹诺酮类的抗生素进行治疗，常规的药物注如盐酸左氧氟沙星注射液或者环丙沙星注射液等。但是如果手术以后合并感染，则按照感染进行治疗性的用药，可使用静脉输注头孢呋辛钠注射液每日2次，连续使用1周，或者静脉输注盐酸左氧氟沙星注射液每日2次，连续使用1周来进行治疗，具体的剂量需要遵照医嘱来使用。也可以根据手术感染的尿液标本来进行细菌培养，据细菌培养和药物敏感试验的结果针对性选择抗生素治疗，可以达到迅速控制感染，控制患者体温减轻尿路刺激症状的作用。