三个月宝宝体温36.9℃是正常的，宝宝体温调节功能不成熟，体温波动比较大，一般是波动在36-37℃之间，核心温度是36.5℃。当感觉宝宝体温偏高的时候，可以进行如下处理：
1、室内温度。宝宝要保持合适的室内温度，一般是在24-26℃，湿度在40%-60%，合适的室温有助于宝宝散热，维持核心温度。
2、衣服。三个月的宝宝不能穿衣服太多，包裹太严，否则会影响宝宝的散热。热散不出去就会造成孩子体温偏高，另外严重的可以出现捂热综合征，表现为面发红，呼吸、心跳增快，严重的会出现脱水等症状。
3、测量体温的时机。宝宝刚睡醒、刚吃完奶或哭闹以后体温都会偏高。这个时候要等宝宝安静下来，至少10分钟以后，擦干腋窝的汗再测量体温，测量的时间为五分钟，不能测量时间过长，否则也会导致体温偏高的情况。
经过以上处理，再复测宝宝体温一般来说都应该在36.5℃左右，如果宝宝体温超过37.3℃，提示有发烧，需要及时就诊。