肺部穿刺活检有一定的痛苦性，但一般情况下可以耐受。患者有一定适应症时才可以行肺部的穿刺活检，例如患者的肺CT提示肺内的肿块影而且有穿刺的指征，或者是患者肺内结节性质不定，我们需要明确性质时可完善结节的穿刺活检。
在行穿刺活检的过程中，有时会出现一些并发症，例如气胸、感染等等。如果是少量的气胸，无需特殊处理，只需要定期复查、吸氧、预防感染。如果患者出现了感染，例如细菌感染时，临床可使用抗生素进行干预性治疗。