原发性甲状腺功能减退症最常见的原因是发生了桥本氏甲状腺炎，也就是自身免疫性甲状腺疾病，通常可以导致甲状腺功能减退症。也可见于核素碘-131治疗甲状腺炎症以及甲状腺癌，所发生的甲状腺功能减退症，还可见于甲状腺手术以后导致的甲状腺功能减退症。
对于甲亢的患者，如果在治疗期间应用的抗甲状腺激素药物过多，又没有及时检查甲状腺激素的水平，有可能造成药物性的甲减，这些都属于原发性甲状腺功能减退症。原发性甲状腺功能减退症是指甲状腺本身的疾病或者某些原因造成的甲状腺激素合成分泌减少，均称为原发性甲状腺功能减退症。继发性甲状腺功能减退症，是由于垂体-下丘脑病变所导致的甲状腺功能低下，称之为继发性甲减。