引起儿童半夜咳嗽的原因主要包括以下几种情况：首先，由于儿童患有过敏性咳嗽导致的，如果儿童属于过敏性的体质，气道是非常敏感的，也就是儿童有气道的高反应，在夜间由于受冷空气的刺激或者迷走神经张力比较高，都会导致儿童半夜咳嗽加重。其次，由于儿童患有胃食管反流导致的半夜咳嗽比较重，如果儿童有胃食管的反流，在半夜入睡以后食道中的胃酸会反流到食道中，并且反射性的刺激气管导致半夜咳嗽比较严重，可以应用奥美拉唑进行治疗。