三联疗法是两种抗生素加上一种抑酸药物，主要用于根除幽门螺杆菌。在进行呼气试验检查时，一旦发现幽门螺杆菌属于阳性，应当尽早的使用药物进行根治，在治疗上可以选择三联疗法。在三联疗法之中最为重要的是抗生素药物，并且选择抗生素时应尽量是用两种不同类型，比如阿莫西林结合克拉霉素，及甲硝唑结合左氧氟沙星。两种抗生素结合使用可以减少幽门螺杆菌的抗药性和耐药性，同时增强幽门螺杆菌的根治效果。
幽门螺杆菌对生存的环境要求很苛刻，一旦生存环境受到了破坏，会更容易将幽门螺杆菌消灭掉，因此在使用抗生素的同时，最好是结合一种抑酸药物，常见的抑酸药物有兰索拉唑、奥美拉唑、雷尼替丁。