判断龟头炎，主要的依据有临床表现、病原学的检查，甚至病理学的检查。常见的浅表性龟头炎在起病之初，阴茎头部皮肤潮红，龟头有灼热感和瘙痒感。在急性期，龟头可有水肿、糜烂，甚至出血。
继发感染后局部形成溃疡，疼痛会加重。特殊类型的龟头炎，例如真菌引起的龟头炎，龟头表面光滑，其上可有白色脱屑，疾病进展后会出现糜烂和渗液。
微生物学的检查尤为重要，龟头局部病变取材或者分泌物作涂片检查，可以准确地找到病原体。对于特殊类型的龟头炎，例如浆细胞性的龟头炎，病理的结果具有诊断意义。