鉴别诊断首先必须把肺炎与呼吸道感染区别开来。呼吸道感染虽然有咳嗽、咳痰和发热等症状，但有其特点，上下呼吸道感染无肺实质浸润，胸部X线检查可以鉴别。其次必须把肺炎与其他类似肺炎的疾病区别开来，包括肺结核、肺癌、肺血栓栓塞症、非感染性肺部浸润等疾病，分别介绍如下：
一、肺结核多有全身中毒症状，如午后低热、盗汗、乏力、体重减轻、失眠、心悸等。X线胸片可见病变多在肺尖或锁骨上下，密度不均匀，消散缓慢，皆可形成空洞或肺内播散，痰中可找到结核分枝杆菌，一般抗菌治疗效果不佳。
二、肺癌，尤其多无急性感染中毒症状，有时候痰中带血，白细胞计数不高。通过胸部影像学检查，如胸部CT、支气管镜、痰脱落细胞学检查等鉴别。
三、非血栓栓塞症多有静脉血栓的危险因素，可以发生咯血、晕厥、呼吸困难，X线胸片显示区域性肺血管纹理减少，有时可见尖端指向肺门的心形阴影，通过D-二聚体、CT的肺动脉造影、放射性核素肺通气灌注扫描和M2I等检查可帮助鉴别。
四、非感染性肺部浸润需排除非感染性肺部疾病，如间质性肺炎、肺水肿、肺不张和肺血管炎等。