藤黄健骨胶囊对于过敏体质的患者禁止使用，而且由于本药偏向于温补，所以对于阴虚有热的病人不宜长期口服，可能会引起失眠、头晕或者喉咙肿痛等上火的症状。对于脾胃虚弱的病人也不建议长期使用，有可能会导致腹胀、腹痛、消化不良等临床症状出现。
因为藤黄健骨胶囊主要是有温阳补肾、活血通络、强筋健骨的作用，主要用于各类骨质增生和骨质疏松，比如颈椎增生、腰椎增生、跟骨骨刺、膝关节增生性关节炎、颈椎病等，所以一定要在正规医院专业医生指导下口服使用。