出现食管胃黏膜异位，也会有癌变的可能性。在临床中食管胃黏膜异位先天性的很少，多数是后天性的化生，即Barrett食管。其癌变率平均约为13.6%，是食管下段腺癌的最主要来源。
食管胃黏膜异位发生癌变率，比普通食管炎癌变率较高，因此建议患者一定要定期检查身体，若发现病变，一定取病变组织活检做病理检查，能够明确病变性质，以免延误病情。食管胃黏膜异位通常是在食管中下段可出现皮脂腺，异位的胃黏膜小段多位于食管上段，可取代局部食管鳞状上皮或位于上皮下，可伴有糜烂或溃疡形成。因此，建议患者一定要定期复查，密切随诊。