灰指甲医学上叫做甲真菌病或者甲癣，主要外用以及内服抗真菌药物进行治疗。如果不严重、数量不多的灰指甲，可考虑外用药物治疗为主。常用的是阿莫罗芬搽剂，或者环吡酮胺搽剂。抗真菌药可穿透甲板，杀灭甲板深层的致病真菌。
比较严重的、广泛的灰指甲，可以考虑口服抗真菌药物治疗，目前比较常用的有伊曲康唑、特比萘芬，这种药物经过多年验证已证明是治疗灰指甲的安全、有效药物。
只要没有严重的肝肾疾患都可放心使用，只要遵照医嘱，按疗程使用，大多数灰指甲都可经过药物治疗治愈。目前还有非药物疗法，比如采取激光或光动力的方式治疗灰指甲，也有一定疗效。