病毒性角膜炎常用的眼药水有两大类：
1、抗病毒的眼药。如更昔洛韦眼药水、阿昔洛韦眼药水，其中更昔洛韦眼药水进入病毒感染细胞的速度快，在病毒感染细胞中存留的时间长，已经成为抗病毒治疗的一线药物。
2、营养和促使角膜愈合的眼药水。如重组人表皮生长因子眼药水、小牛血去蛋白提取物凝胶、维生素A滴眼剂等。如果合并有感染的同时，还需滴用抗菌素类的眼药水，如左氧氟沙星眼药水、妥布霉素眼药水和加替沙星眼药水等。