对于膀胱结石目前临床主要采用的是微创的治疗办法，经尿道置入镜子到膀胱里面看到结石，采用能量的方式将结石击碎，同时把一些结石的碎块吸出来，膀胱结石就算治好。
治疗的具体过程可以有很多种，包括能量方式也可以有很多种方法，包括钬激光、气压弹道、超声等一系列的方法，但是建议要区分情况，由什么原因引起的膀胱结石一定要找到病因，不去除病因，膀胱结石没法叫治愈，以后还会复发。
常见引起膀胱结石的原因是膀胱出口梗阻，男性主要表现为前列腺增生导致的，由于膀胱里的尿液不能够通畅排出，形成尿潴留，尿液里面的一些成分逐渐的析出，慢慢的形成膀胱结石，要解决这个病，就要把前列腺增生解除掉。
对于一些由其他原因引起的结石，比如上位神经元导致神经源性膀胱，这种情况可能没有特别好的治疗办法，为避免膀胱里面长期存留大量的尿液，可以考虑留置导尿，长期还可以考虑耻骨上的膀胱造瘘一种办法，解决排尿的问题。