抑郁症是一种慢性反复发作性疾病，在药物治疗过程中，应因人而异。需要根据患者的症状、临床表现、病程、既往史，还有疾病本身的特点来确定。这具有个体化差异的特点，一般一半以上的抑郁障碍患者在疾病发生后两年内会发生复发。因此在治疗上强调长期治疗的原则，并分为急性期治疗、巩固期治疗，以及维持期治疗。
急性期治疗一般是8-12周的时间，这个时期主要是控制患者的症状，尽量使患者达到临床痊愈，同时促进患者的社会功能的恢复。急性期治疗之后，进入到巩固期治疗，这个时期要维持原来的药物治疗剂量和服用方法不变，治疗4-9个月的时间。结束之后，进入维持期治疗，维持期治疗的时间目前没有明确的定义，一般认为2-3年，甚至需要长达五年的时间。
但是对于多次反复发作，或者残留症状比较多，对社会功能影响比较大的，都是强调终身服用药物治疗。对于首发抑郁症的患者，总体疗程约半年到一年以上，需要规律服药，绝大多数病人经过半年到一年以上的系统治疗可直接逐渐缓解症状。此时，可以考虑停药或者降低药物应用剂量。但对于症状易发作且症状比较严重的抑郁患者，需要长期甚至终生服药。另外，考虑到复发风险的因素，在停药之前必须到医院专科就诊，在专科医生的指导下调整用药。如果擅自停药，极易导致疾病的复发。