梅毒患者根据病程不同，应用青霉素的疗程也不同，对于一期、二期或早期潜伏的梅毒，应用苄星青霉素时，每周一次共两次。如果晚期梅毒及二期复发的梅毒时，应用苄星青霉素，每周一次共三次。
应用青霉素都是两侧臀部各注射一针，由于个体差异大，用药不存在最好、最快、最有效，除常用的非处方药外，应在医生指导下，充分结合个人情况，选择最合适的药物治疗，选择治疗方案之前必须对梅毒进行准确的分期。青霉素类药物是治疗梅毒各期的首选药物，一般常用的是苄星青霉素，梅毒早期发现，及时正规治疗，对预后影响很大。