男性阴茎短小的原因主要有三大类：第一、促性腺激素分泌不足的性腺功能减退；第二、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退；第三、原发性小阴茎。
第一大类原因中又包括两个方面：1、脑组织结构异常，比如下丘脑或者垂体发育的异常。2、无脑组织异常的先天性促性腺激素释放缺乏，比如各种综合征，如Kallmann综合征、Prader-Willi综合征、Laurence-Moon-Biedl综合征等等。第二大类原因当中，主要病变是在睾丸本身，比如先天性睾丸缺如、睾丸下降不全等等。第三大类的原发性小阴茎当中，病因尚不十分清楚，推测有可能是胚胎后期促性腺激素刺激延迟，一过性睾酮分泌下降等原因，很多人都有染色体突变以及性染色体异常。