注射睾酮有可能部分患者会出现副作用，首先是造成皮肤的损害，出现痤疮，还有可能造成红细胞数目增多，红细胞水平过高增加血液粘稠度，尤其是注射睾酮的男性，由于注射睾酮也有可能造成红细胞增加，血液的粘稠度增加，出现血栓的风险增加。注射睾酮也有可能导致发生心肌梗死或脑卒中的风险增加，注射睾酮有可能造成睾丸萎缩，造成精子产生数量减少。睾酮的使用对某些肿瘤的发生有可能造成影响，比如使用睾酮以后前列腺癌的风险增加。接受睾酮替代治疗的男性需要定期查体和血液的检测，以确定睾酮的水平，同时了解有没有副作用。