心脏神经官能症的诊断主要是排他性诊断。要根据患者的临床表现，存在临床症状较多，而且多变，且症状与症状之间缺乏内在的联系，但是相关的阳性体征却很少，而且无特异性。
通过各种检查并不能找到存在器质性心脏病的证据，通常可以做出诊断。但是在诊断之前必须要排除患者是否存在器质性心脏病，以及注意与其它疾病的鉴别。
在诊断的过程中，有些器质性心血管疾病的病人也可能会合并心理方面的问题，这时需要注意进行识别，以免把器质性心脏病诊断为心脏神经官能症而延误患者的治疗。