藿香正气口服液含有酒精，因此不要和头孢类抗生素一起服用。临床上使用的多种头孢类抗生素可以抑制酒精，也就是乙醇代谢过程当中的一个酶，叫乙醛脱氢酶，使乙醇不能顺利代谢造成乙醛蓄积，产生一种双硫仑样反应。患者表现为面部潮红、球结膜充血、头痛、眩晕、腹痛、恶心、呕吐，严重的可能出现血压下降、呼吸抑制、心力衰竭，甚至危及生命。
双硫仑样反应常常发生在用药期间及停药7-10天之内，这是因为药物需要经过五个半衰期才能被基本清除，同时被抑制的乙醛脱氢酶需要4-5天才能恢复。因此，在服用头孢类抗生素期间及停药7-10天之内，不要口服藿香正气口服液，还要注意在此期间不要饮酒，以及摄入其他含有酒精的食物，例如酒心巧克力、醉虾、醉蟹等，也不要用酒精擦浴。