在临床上，甲胎蛋白偏高的情况常常是见于原发性肝癌和生殖腺胚胎性肿瘤。大概有80%左右的原发性肝癌的患者血清甲胎蛋白会出现升高的现象，有一半左右的患者可以检测到高浓度的甲胎蛋白。除癌症之外，甲胎蛋白的偏高还可以发生在肝炎、肝硬化等慢性活动性肝病的情况。
但在这些良性的肝脏疾病中，大多数甲胎蛋白的数值＜200μg/L。如果甲胎蛋白的数值超过500μg/L持续一个月，或者≥200μg/L持续两个月以上，并能够排除妊娠、活动性肝病以及生殖器官恶性肿瘤，就要高度警惕原发性肝癌的可能，应该积极的检查肝脏。