脑部头颅核磁对小孩没有任何副作用，因为核磁检查利用磁场进行扫描并不利用X光线，所以对孩子影响非常小。
做核磁时由于时间较长且噪音较大，小孩的配合程度比较差，所以做头颅核磁时需要镇静后再进行检查。此检查对于疾病的诊断及治疗效果等可以起到很好的辅助作用。
一般对于出生存在高危因素及有发育迟缓、惊厥，怀疑存在占位性病变等表现时，需要进行头颅核磁检查。